首先，股东各占50%的最典型问题是决策权的僵局。在没有明确决策机制的情况下，当两方股东对某个问题持有不同意见时，无法做出决策，最终可能导致公司运营的停滞。此时，决策机制的建立尤为重要。可以通过制定《股东协议》来明确决策权分配的规则，例如设立“决策委员会”或者“第三方调解机制”来打破僵局。
另一个常见问题是利益分配的不均衡。在股东各占50%的情况下，如果公司经营出现亏损或利润分配不均，可能会引发股东之间的争执。为了防止此类问题的发生，可以在《股东协议》中规定具体的利润分配方式、亏损承担方式，以及各自的责任范围。此外，可以通过设立“优先分红条款”来保障少数股东的利益，避免因分配问题引发矛盾。
股东关系的稳定性也是一个不可忽视的因素。如果两方股东的关系紧张，可能会影响公司的整体氛围和员工的士气。为了保持良好的股东关系，可以通过定期的“股东沟通会议”来增进了解和信任。同时，还可以在协议中加入“股东退出机制”，以应对未来股东之间可能出现的纠纷，确保股东能够在适当的条件下退出，避免对公司产生不利影响。
除了股东之间的管理，公司的股权结构设计也是至关重要的。在某些情况下，股东各占50%的结构可能并非最优选择。为了避免权力过度集中，甚至可能出现权力滥用的风险，可以考虑引入外部投资者或者通过股权激励计划引导管理层及员工参与其中，以优化股东结构。
最重要的一点是，股东各占50%的公司需要在公司章程中明确规定所有可能发生的情况，并对解决方案做出详细规划。这不仅有助于避免纠纷，还能确保公司能够顺利运作。股东之间的分歧并不一定意味着公司无法发展，关键在于是否能够通过合法、有效的方式来解决问题。